لموقع إندونيسيا على خط الاستواء تأثير كبير على طبيعة التربة وخصائصها، حيث أدى هذا الموقع إلى وجود التربة الغرينية، وتربة الأندوسول، والتربة البودوليكية، وهذه الأنواع من التربة خصبة للغاية. إن تنوع التربة وخصوبتها هو الذي أعطى للقهوة مذاقها الفريد في مناطق مختلفة من إندونيسيا. تشمل أنواع القهوة التي تزرع في هذه البلاد أرابيكا وروبوستا وليبيريكا.
يوجد في إندونيسيا ما يقرب من ١٣٠بركانًا نشطًا، وهي تشكل جزءًا من منطقة "حزام النار" في المحيط الهادئ. كما تضم ثالث أكبر غابة استوائية مطيرة في العالم، ويوجد فيها تنوع بيولوجي كبير، حيث يعيش على أرضها أنواع مختلفة من النباتات والحيوانات النادرة والقديمة، ومنها شجرة ماتوا، وخشب الصندل، وزهور كاريون، وإيغلوود، والنمر السومطري، وتنين كومودو، وزرزور بالي، وفيل بورنيو، وطائر ماليو، والترسير القزم، وقرد سيواويزي الأسود، وطائر سيندراواشي.