بدأ تاريخ إندونيسيا مع وصول السكان الأوائل إليها قبل حوالي مليون ونصف المليون عام. ومع مرور الزمن أخذت مجموعات أخرى مختلفة من الناس تهاجر إليها، بما فيهم الأسترونيزيزن والميلانيزيون (بابوا ومالوكو وشمال مالوكو وشرق نوسا تينجارا)، وانتشرت هذه المجموعات في جميع أنحاء المنطقة. وقد ساعد التفاعل فيما بين أفرادها من جهة، وبينهم وبين التجار الأجانب من جهة أخرى في تشكيل الثقافة والهوية الإندونيسية.
ظهرت بين القرن الخامس والقرن التاسع عشر ممالك عدة في الأرخبيل، ومنها الممالك الهندوسية والبوذية في كوتاي وسريفيجايا وماجاباهيت، والممالك الإسلامية في ساموديرا باساي وديماك وماتارام. وقد لعبت هذه الممالك دورًا مهمًّا في تطور الثقافة والمجتمع في إندونيسيا.
في القرن السابع عشر بدأت شركة الهند الشرقية الهولندية (VOC) ترسخ وجودها في البلاد. وقد تمكنت هذه الشركة في النهاية من السيطرة على معظم أنحاء الأرخبيل. وفي عام ١٧٩٩ أفلست بسبب تفشي الفساد فيها، وحلت "الهند الشرقية الهولندية" محلها في حكم إندونيسيا.
استمر الاستعمار الهولندي لإندونيسيا لأكثر من ٣٠٠ عام، ومن الحكام العامين الذين تم تعيينهم أثناء ذلك الحاكم فان دن بوش. وخلال هذه الفترة نفذ الهولنديون عددًا من السياسات التي كان لها تأثير كبير على المجتمع الإندونيسي. وأبرز هذه السياسات نظام الزراعة القسرية، الذي كان يجبر المزارعين على زراعة أنواع معينة من المحاصيل، وكان نظامًا استغلاليًّا تسبب في خلق أوضاع صعبة جدًّا للإندونيسيين.
ورغم الصعوبات الناتجة عن الاستعمار واصل الشعب الإندونيسي إحساسه بهويته الوطنية وحرصه عليها. ففي عام ١٩٢٨ أعلن القوميون الإندونيسيون "تعهد الشباب"، الذي أكد التزامهم بوجود أمة واحدة، ووطن واحد، ولغة واحدة في إندونيسيا.
وفي تاريخ ١٧ أغسطس ١٩٤٥ أعلن سوكارنو استقلال إندونيسيا عن هولندا، وكان أول رئيس للبلاد. غير أن الهولنديين رفضوا الاعتراف بالسيادة الإندونيسية، واندلعت بسبب ذلك حرب الاستقلال التي استمرت 4 سنوات. ولكن هولندا اعترفت أخيرًا في عام ١٩٤٩باستقلال إندونيسيا.